בשנת 1696 הוקמה הכנסיה הקהילתית של הדיוקסיה האפיסקופלית במנהטן. המושל באותה התקופה, בנג'מין פלטשר, אישר את רכישת הקרקע על ידי הקהילה האנגליקנית בעבור הכנסיה. הקהילה קיבלה את הזיכיון מויליאם השלישי, מלך אנגליה בשנת 1697.

הכנסייה, כמו שהיא היום, היא דוגמא של אדריכלות גותית והיא תוכננה על ידי האדריכל ריצ'רד אפג'ון. היום היא מהווה מוניומנט היסטורי לאומי בשל חשיבותה האדריכלית ומקומה בהיסטוריה של העיר ניו יורק.

שימו לב כאן במיוחד לצריח המחודד, הניאו גותי שלה, המתנשא לגובה של 85.6 מטר. למרות שהמון בניינים גבוהים וגורדי שחקים נבנו סביבה, היא עדיין מהווה מרכז דת ופולחן מרשים מאד.

בחצר כנסיית השילוש, בית קברות שבו קבורים אלכסנדר המילטון, ויליאם בראדפורד ועוד.

מגדל כנסיית השילוש מכיל היום 23 פעמונים, כאשר הכבד ביותר מביניהם שוקל כ-1200 קילוגרם. שמונה מהם נתלו במגדל המקורי ושלושה התווספו מאוחר יותר. הם מופעלים בידי מנועים חשמליים, המאפשרים את השמעת הצלילים.

בכנסייה תפילות ומיסות במהלך השבוע ולעתים מתקיימים בה גם אירועים מיוחדים כמו חתונות והטבלות.