בית הכנסת מייזל (Maiselova Synagoga) הוא אחד מאתרי הרובע היהודי יוזפוב שבעיר, המשמש מוזיאון בלבד ואין בו תפילות.

בהיותו חלק מה"מוזיאון היהודי", מוצג בבית הכנסת אוסף של יודאיקה, הכוללת בין השאר גם כתבי תלמוד מימי הביניים, כלי טקס יהודיים מבית הכנסת, פמוטות שבת, חנוכיות, כלי קודש, כתרים, תכשיטים למגילה, כלי כסף, קישוטים ופרוכת ארון תורה.

יש כאן תצוגה דוממת של התפתחות קהילת יהודי בוהמיה ומורביה, מאז יסודה של הקהילה במאה ה-10 ועד למאה ה-18 בתקופת האמנסיפציה.

התצוגה הזו רק קצהו של אוסף עצום, שנאסף על ידי הנאצים, בכוונה להציגו במוזיאון על הגזע שנכחד, לאחר שיסיימו להשמיד את היהודים.
בית הכנסת מייזל שוכן במבנה נאו-גותי שנבנה בשנת 1905. עד אז היה כאן בית כנסת מתקופת הרנסנס, שנשרף. בית כנסת זה נוסד במאה ה-16 על ידי רבי מרדכי מייזל. אותו מייזל היה ראש הגטו היהודי של פראג בתקופת המלך רודולף השני וקנה את הקרקע לבניית בית הכנסת. באותה תקופה מייזל היה האדם העשיר ביותר באירופה. יש עליו אגדה שמסבירה את ההון הרב שצבר בעזרה אלוהית. אבל גם בלי הסברים דתיים מיסטיים, מייזל היה מגדולי הסוחרים של המאה ה-16 ועסקיו שנוהלו בתבונה ובחוש עסקי נדיר, חבקו מסחר עם כל חלקי אירופה.

בשנת 1689 נשרף בית הכנסת מייזל בשרפה שהחריבה את מרבית הגטו היהודי בעיר. בשיפוץ והבנייה מחדש קצרו את גובהו של מבנה בית הכנסת בכשליש מגובהו המקורי.

במהלך מלחמת העולם השנייה השתמשו הנאצים, שכבשו את צ'כיה עוד לפני המלחמה, בבית הכנסת מייזל כמחסן לרכוש היהודי שהחרימו ושדדו.

כיום בית הכנסת מייזל בפראג שייך לקהילה היהודית הצ'כית והוא מתוחזק על ידי המוזיאון היהודי בפראג.

מבט מקרוב על בית הכנסת מייזל: